Viêm họng có 2 nguyên nhân chủ yếu: do nhiễm trùng và không do nhiễm trùng.

Nguyên nhân do nhiễm trùng

Chủ yếu (80 %) là do virut, các loại virut có khả năng cao gây bệnh viêm họng gồm có: Rhinovirus, coronavirus và parainfluenza virus, Virut cúm A và cúm B, Viruts adenovirus, virus Epstein-Barr (EBV), herpes simplex (HPV) thường gây ra lở loét lạnh...Ngoài ra còn do các loại khác nhau của vi khuẩn : tụ cầu, liên cầu trong đó có liên cầu khuẩn tan huyết b nhóm A gây nhiều biến chứng nguy hiểm,lậu cầu trùng, nấm ký sinh...

Nguyên nhân không do nhiễm trùng

Chất kích thích và chất gây dị ứng có thể làm cháy các lớp lót ở họng gây viêm họng, bao gồm: Chất gây kích ứng giải phóng vào không khí như: Các dung môi hòa tan, xăng công nghiệp, thuốc xịt chứa hóa chất, khí lò than có chứa khí lưu huỳnh, khói bụi và uống rượu mạnh nồng độ cao sẽ đốt cháy lớp lót niêm mạc miệng, lạm dụng thuốc xông xịt mũi.... Nhiễm lạnh: Mùa đông lạnh, không khí khô hanh là 1 điều kiện phát sinh bệnh viêm họng, hoặc thay nhiệt độ đột ngột thất thường. Thời tiết nóng bức sử dụng điều hòa nhiệt độ nhiều, độ lạnh sâu cơ thể chưa thích nghi kịp, da bị khô và dễ bị viêm họng.